Mặc dù các lời khuyên từ các phía các chuyên gia y tế, tỉ lệ sinh mổ ở các bà mẹ vẫn đang tăng cao. Đặc biệt là ở những thành phố lớn.

Từ trước tới nay, nhiều người vẫn biết đến thông tin trẻ sinh mổ thường thiệt thòi hơn so với trẻ sinh thường về sự ảnh hưởng lên hệ hô hấp như dễ bị các chứng bệnh viêm phổi, phế quản mãn tính, hen suyễn và khò khè. Tuy nhiên các nhà khoa học còn chỉ ra rằng, trẻ sinh mổ không những dễ bị nhiễm bệnh mà trong quá trình sinh nở vô khuẩn như sinh mổ đã ảnh hưởng lên hệ vi sinh đường ruột và cả hệ miễn dịch ở trẻ sơ sinh.

Ống tiêu hoá của trẻ trước khi sinh là hoàn toàn vô khuẩn. Ngay sau khi sinh, trong ống tiêu hoá non nớt này sẽ bắt đầu hình thành sự khu trú của nhiều loại vi khuẩn khác nhau. Người ta thấy rằng số lượng vi khuẩn lưu trú ở đường ruột còn nhiều hơn số lượng của tế bào trong cơ thể, có trên 500 loại vi khuẩn khác nhau trong đó có hơn 50% chưa được biết đến, hoạt động của chúng trong đường ruột dao động đáng kể trong 3 tháng đầu đời, nhưng một khi đã được thiết lập và phát triển, hệ vi khuẩn này sẽ sống bền vững theo trẻ đến suốt cuộc đời. Ngay cả sự thay đổi về môi trường, sử dụng kháng sinh chỉ làm ảnh hưởng tạm thời đến thành phần của hệ vi sinh đường ruột.

Hệ vi sinh đường ruột được xem là nền tảng quan trọng trong việc hình thành và phát triển hệ miễn dịch của trẻ. Sự khu trú vi khuẩn trong giai đoạn sơ sinh bị ảnh hưởng bởi rất nhiều yếu tố. Trong đó, phương pháp sinh được xem là yếu tố quan trọng hàng đầu ảnh hưởng tới hệ vi sinh đường ruột.

Ở  trẻ sinh thường, trong quá trình chuyển dạ, trẻ được tiếp xúc đầu tiên với vi khuẩn âm đạo, vi khuẩn trong phân mẹ và được bú mẹ ngay sau sinh từ đó hình thành một nền móng vững chắc cho các vi khuẩn có lợi khu trú tự nhiên ở đường ruột.

Trong  khi đó trẻ sinh mổ lại được sinh ra ở môi trường hoàn toàn sạch sẽ, vô khuẩn và không được bú mẹ ngay sau sinh nên sự khu trú của các vi khuẩn có lợi ở đường ruột như Bifidobacteria chậm hơn rất nhiều so với trẻ sinh thường. Các nhà khoa học nhi khoa ở Thuỵ Điển cho rằng: Phải mất đến 6 tháng sau, hệ vi sinh đường ruột ở trẻ sinh mổ đường ruột mới đuổi kịp trẻ sinh thường tính từ thời điểm 10 ngày sau khi lọt lòng. Điều này giải thích vì sao trẻ sinh mổ thường dễ mắc một số bệnh lý, kể cả những bệnh dị ứng như  hen, suyễn so với trẻ bình thường.